その昔、祇園祭に山鉾を出す各町内の人々は、山鉾の自主性や独創性を競い合いました。更には、山鉾の周囲に長刀や槍をもって警護したという古い絵図が残っていますように、巡行では我先にと順番を争って、常にもめ事を起こしておりました。 祇園祭山鉾行事の長い歴史の中で、中世から近世においてはこの行事が、時の権力者や 幕府により認可・執行されてきたこともありますので、巡行における順番や、順路などについて、各山鉾間で話し合うための、何らかの連絡機関があったものと考えられます。

明治時代となって京都の近代化が始まり、電話線・電灯線、市電の架線など道路に張り巡らされた障害物により、山鉾巡行は存亡の危機までも懸念する状況となりました。 更には、交通量や観光客の増加、江戸時代に受けていた種々の援助や補助の打ち切りなどもあり、江戸期以来の旧式で大雑把な連絡組織では、各種の問題に対応することは困難となりました。

そこで、行政や各種団体との対応、更には大正時代となって復活された種々の補助を受け入れる組織が必要となり、大正１２年に任意団体「祇園祭山鉾連合会」が設立されました。 平成4年に財団法人となり、平成24年には公益財団法人となって、現在に至っております。